Le recueil se présente comme un itinéraire poétique à la première personne, où un je lyrique — que l'on identifie au poète lui-même — s'adresse tantôt au lecteur, tantôt à une femme aimée, tantôt à Dieu ou à Satan. La situation d'énonciation varie selon les poèmes, mais l'ensemble compose une trajectoire cohérente : celle d'une âme moderne partagée entre deux postulations simultanées, l'une vers Dieu, l'autre vers Satan. Le cadre est celui du Paris du milieu du XIXe siècle, transformé par Haussmann, mais aussi celui, intérieur, d'une conscience tourmentée. Le ton oscille entre l'exaltation mystique, l'ironie amère, la sensualité brûlante et le désespoir le plus noir, dans une langue d'une extrême maîtrise formelle qui fait de la laideur et du mal des objets esthétiques.
Le poème liminaire, souvent appelé Au lecteur, ouvre le recueil comme une adresse provocatrice. Baudelaire y dresse le tableau d'une humanité rongée par la bêtise, le péché et surtout l'Ennui, ce monstre délicat
qu'il désigne comme le pire des vices. Le poète scelle un pacte étrange avec son destinataire par la formule finale qui fait du lecteur son semblable et son frère, l'associant à la même faute et à la même damnation. Ce prologue pose le cadre moral et spirituel du recueil : une lucidité impitoyable sur la nature humaine.
La première et plus vaste section s'ouvre sur Bénédiction, qui met en scène la naissance du poète maudit, rejeté par sa mère et couronné par Dieu d'une souffrance qui est aussi une élection. Suit une méditation sur la nature du poète à travers des figures emblématiques : l'albatros majestueux dans le ciel mais ridicule sur le pont d'un navire, image de l'artiste exilé parmi les hommes ; l'homme aux Correspondances, qui traverse des forêts de symboles où parfums, couleurs et sons se répondent. Ce dernier poème, véritable art poétique du symbolisme, expose la théorie d'une nature-temple où le sensible ouvre sur l'invisible.
Le recueil explore ensuite la quête de l'Idéal à travers l'amour et la beauté. Trois figures féminines structurent cette section. La première, Jeanne Duval, la Vénus noire, inspire un cycle de poèmes sensuels et exotiques : Parfum exotique, La Chevelure, Sed non satiata. La chevelure devient océan, forêt, alcôve, permettant au poète un voyage immobile vers des rivages lointains. La seconde, Madame Sabatier, la Vénus blanche, incarne un amour plus spirituel, presque religieux, dans des poèmes comme Harmonie du soir ou L'Aube spirituelle. La troisième, Marie Daubrun, aux yeux verts, inspire L'Invitation au voyage, rêverie d'un ailleurs où tout n'est qu'ordre et beauté, luxe, calme et volupté
. Ce vers célèbre condense l'aspiration baudelairienne à un monde harmonieux, situé dans une Hollande fantasmée.
Mais l'Idéal se dérobe, et la section bascule progressivement vers le Spleen. Quatre poèmes portant tous ce titre déclinent l'angoisse existentielle sous des formes différentes. Dans le plus célèbre, Spleen LXXVIII, le ciel bas et lourd pèse comme un couvercle, la pluie imite les barreaux d'une prison, et l'Espoir vaincu pleure tandis que l'Angoisse plante son drapeau noir sur le crâne incliné du poète. Cette progression du Spleen culmine dans L'Horloge, où le temps devient un dieu sinistre qui rappelle à chaque seconde la fuite irrémédiable de la vie vers la mort.
Ajoutée dans l'édition de 1861, cette section fait entrer la modernité urbaine dans la poésie. Baudelaire y explore le Paris haussmannien, ses rues, ses foules, ses marges. Dans Le Cygne, dédié à Victor Hugo, le poète voit un cygne échappé d'une ménagerie traîner ses plumes dans la poussière parisienne, image de l'exil et de la mémoire des vaincus. Les Sept Vieillards et Les Petites Vieilles peuplent la ville de figures spectrales et grotesques que le poète, en flâneur, transforme en objets de compassion et de fascination.
La ville nocturne prend une intensité particulière dans À une passante, où le poète croise dans la foule une femme en deuil dont la beauté fugitive le foudroie. Le sonnet capture l'instant de la rencontre manquée avec cette inconnue qu'il aurait pu aimer, et dont il ne saura jamais rien. Le Crépuscule du soir et Le Crépuscule du matin encadrent la journée parisienne en montrant la ville comme un organisme vivant, peuplé de prostituées, de joueurs, de malades et de travailleurs matinaux.
Cette courte section propose une échappatoire dans l'ivresse. L'Âme du vin, Le Vin des chiffonniers, Le Vin de l'assassin, Le Vin du solitaire et Le Vin des amants déclinent les vertus consolatrices de la boisson selon les conditions sociales et les états d'âme. Le vin apparaît comme un paradis artificiel accessible aux misérables, capable de transformer momentanément le chiffonnier en héros et de faire oublier au solitaire son isolement. Mais cette consolation reste précaire et n'efface pas la conscience du mal.
La section qui donne son titre au recueil pousse la provocation à son comble et rassemble les poèmes qui vaudront à Baudelaire son procès en 1857. Six pièces sont condamnées pour outrage aux bonnes mœurs, dont Lesbos, Femmes damnées et Les Bijoux. Le poète y explore les amours interdits, la sensualité perverse et les figures de la débauche sans les condamner moralement, cherchant plutôt à en extraire une beauté trouble. Une charogne, placée plus tôt dans le recueil, avait déjà posé ce principe d'une alchimie poétique capable de transformer la pourriture en or verbal.
Un voyage à Cythère raconte l'approche en bateau de l'île de Vénus, censée être le lieu de l'amour, où le poète découvre en réalité un pendu que les oiseaux dévorent. Cette vision cauchemardesque symbolise la désillusion complète : l'île du désir se révèle être celle de la mort et de la corruption. Le poète s'identifie au pendu et voit dans son propre cœur un tombeau infesté.
Cette section très brève regroupe trois poèmes blasphématoires qui retournent la théologie chrétienne. Le Reniement de saint Pierre reproche à Dieu son indifférence face aux souffrances du Christ et des hommes. Abel et Caïn renverse la hiérarchie biblique en appelant la race de Caïn à monter au ciel et à en précipiter Dieu. Enfin, Les Litanies de Satan transforment la prière chrétienne en hymne au démon, présenté comme le vrai consolateur des misérables, celui qui donne à l'exilé cet œil calme et hautain qui fait tomber d'un banc de nuages entiers un peuple ivre autour d'un échafaud
. Cette révolte n'est pas un satanisme naïf mais une contestation radicale de l'ordre divin qui laisse le mal triompher.
Le recueil se clôt sur une section consacrée à la mort, envisagée comme ultime recours après l'échec de l'Idéal, du Vin et de la Révolte. La Mort des amants, La Mort des pauvres et La Mort des artistes déclinent trois visages de la fin selon les destinées humaines. Pour les amants, elle promet un lit divin ; pour les pauvres, elle est le seul repos possible et le portique qui ouvre sur des Cieux inconnus ; pour les artistes, elle est la promesse de voir enfin l'idéal qu'ils ont poursuivi en vain.
Le poème final, Le Voyage, dédié à Maxime Du Camp, offre une synthèse magistrale du recueil. Le poète y interroge des voyageurs revenus des quatre coins du monde : partout, ils ont trouvé le même spectacle décevant de la bêtise humaine, du péché et de l'ennui. Reste alors un dernier voyage, celui de la mort, invoquée dans une strophe célèbre comme un vieux capitaine à qui l'on demande de lever l'ancre pour plonger au fond de l'Inconnu pour trouver du nouveau
. Ce vers ultime résume la démarche baudelairienne : chercher dans l'inconnu, fût-il celui de la mort, une nouveauté que le monde connu ne peut plus offrir.