Zola conçoit son cycle des Rougon-Macquart (1871-1893) comme une expérience scientifique menée sur cinq générations d'une même famille sous le Second Empire. Dans l'« Arbre généalogique des Rougon-Macquart » qu'il élabore dès 1868, chaque personnage hérite d'une combinaison de traits physiologiques et psychologiques transmis par deux branches distinctes : les Rougon, bourgeois ambitieux, et les Macquart, ouvriers minés par l'alcoolisme et la nervosité. Zola s'appuie sur les théories du médecin Prosper Lucas (Traité de l'hérédité naturelle, 1847-1850) et du psychiatre Bénédict Morel, qui développe la notion de « dégénérescence » : une tare transmise de génération en génération s'aggrave jusqu'à l'extinction de la lignée.
Gervaise, héroïne de L'Assommoir (1877), est la fille d'Antoine Macquart, alcoolique violent, et d'une mère épuisée par les mauvais traitements. Elle porte donc dès sa naissance ce que Zola appelle la « fêlure » de la famille : une prédisposition à la faiblesse nerveuse et, en puissance, à l'alcoolisme. Zola le signale dès les premières pages du roman par un détail physique : Gervaise boite légèrement, infirmité qu'elle tient de sa mère et qui fonctionne comme une métaphore visible de la tare invisible qu'elle transmet à son tour à ses enfants. Cette claudication n'est pas un simple trait réaliste ; elle est le signe corporel d'un destin biologique déjà écrit.
L'originalité de L'Assommoir dans le cadre du cycle est de montrer comment le milieu social active la prédisposition héréditaire sans en être la cause exclusive. Gervaise résiste longtemps : travailleuse, économe, elle ouvre sa propre blanchisserie et connaît une période de prospérité. Ce sursaut est sciemment ménagé par Zola pour mieux démontrer que la chute n'est pas le simple produit de la misère, mais l'effet d'une faiblesse de volonté inscrite dans le sang. Quand Coupeau, son mari, sombre dans l'ivrognerie après un accident de toiture, Gervaise ne résiste pas : elle boit à son tour, non par imitation pure, mais parce que le terrain héréditaire la rendait vulnérable à cette issue. Le chapitre II du roman pose dès l'ouverture cette double menace en décrivant l'alambic de l'Assommoir comme une machine à distiller la mort, dont le poison coule « goutte à goutte » dans les veines du quartier — et par extension, dans celles de Gervaise.
Zola ne laisse aucun doute sur la continuité héréditaire : Nana, fille de Gervaise et de Coupeau, est l'héroïne du roman suivant du cycle (Nana, 1880). Sa dépravation et sa destruction de tout ce qui l'entoure prolongent la tare familiale sous une autre forme — la débauche remplace l'alcoolisme, mais la logique dégénérative est identique. Dans L'Assommoir lui-même, la petite Nana grandit dans la promiscuité du taudis, respire l'alcool comme un air naturel ; le roman dit explicitement, dans le chapitre XI, qu'elle a appris à aimer le vin avant même de savoir lire. La cause est héréditaire, le milieu n'est que l'accélérateur.
Sur le plan de la méthode, L'Assommoir illustre ce que Zola théorise dans sa préface au cycle : étudier « le double problème des tempéraments et des milieux ». Le roman n'attribue pas la misère ouvrière à une seule cause morale ou économique ; il la présente comme le point d'intersection entre une hérédité chargée et un environnement qui offre à cette hérédité les conditions idéales pour se réaliser. L'Assommoir — le débit de boissons qui donne son titre au roman — est à la fois un lieu réel du faubourg Saint-Antoine et une métaphore de la force héréditaire : une machine à « assommer » des individus qui portaient déjà en eux la disposition à être assommés.