Candide vit heureux dans le château du baron de Thunder-ten-tronckh en Westphalie, où son précepteur Pangloss lui enseigne que tout est au mieux dans le meilleur des mondes possibles
. Amoureux de Cunégonde, la fille du baron, Candide est chassé du château après avoir été surpris avec elle. Ce paradis perdu marque le début d'une longue errance à travers le monde.
Enrôlé de force dans l'armée bulgare, Candide assiste aux horreurs de la guerre avant de fuir en Hollande, où il retrouve Pangloss défiguré par la vérole. Tous deux embarquent pour Lisbonne et subissent un terrible tremblement de terre — directement inspiré du séisme réel de 1755. Pangloss est pendu lors d'un autodafé de l'Inquisition, tandis que Candide est flagellé. Il retrouve pourtant Cunégonde, devenue la maîtresse d'un inquisiteur et d'un banquier juif. Après les avoir tués, Candide fuit avec Cunégonde et sa servante, la vieille, vers le Nouveau Monde.
En Amérique du Sud, Candide se sépare de Cunégonde et découvre l'Eldorado, pays utopique où l'or et les pierres précieuses n'ont aucune valeur et où les habitants vivent dans la paix. Il choisit pourtant de quitter ce lieu parfait, emportant d'immenses richesses pour retrouver Cunégonde. Il se fait voler et escroquer à de multiples reprises. À Surinam, il rencontre un esclave mutilé dont le témoignage constitue l'une des dénonciations les plus cinglantes de l'esclavage colonial. Il s'attache ensuite le philosophe pessimiste Martin, contrepoint lucide et désabusé de l'optimisme de Pangloss.
De retour en Europe — Paris, Venise —, Candide poursuit sa quête de Cunégonde. Il croise le sénateur Pococuranté, riche Vénitien blasé que rien ne satisfait, figure de l'ennui existentiel. Il retrouve finalement Pangloss et le fils du baron, miraculeusement survivants, puis rejoint Cunégonde sur les rives de la Propontide, près de Constantinople. Cunégonde est devenue laide ; Candide l'épouse par fidélité.
Le dénouement rassemble tous les compagnons de route dans une petite métairie. Un vieux Turc rencontré par hasard leur enseigne la valeur du travail pour échapper à l'ennui, au vice et au besoin. Candide formule alors la célèbre conclusion du conte : il faut cultiver notre jardin
. Cette morale pratique oppose au système métaphysique de Pangloss une sagesse modeste fondée sur l'action concrète, la solidarité du groupe et le refus des spéculations abstraites sur le bien et le mal.
Les thèmes centraux de l'œuvre — la critique de l'optimisme philosophique, la dénonciation de la guerre, du fanatisme religieux, de l'esclavage et de l'injustice sociale — font de Candide un condensé de la pensée des Lumières, servi par l'ironie mordante et le rythme effréné caractéristiques du style voltairien.