Dans Candide ou l'Optimisme (1759), Voltaire peuple son conte philosophique de personnages qui incarnent chacun une thèse à éprouver. Jacques l'anabaptiste fait figure d'exception dans cet univers de violence et d'hypocrisie : il est l'un des seuls personnages à agir avec une bonté authentique. Sa brièveté dans le récit — il apparaît aux chapitres III et IV avant de mourir au chapitre V — n'en fait pas un personnage secondaire anecdotique, mais un argument philosophique à part entière.
Candide rencontre Jacques à Amsterdam, après avoir été chassé du château de Thunder-ten-tronckh et maltraité par un orateur protestant qui refuse de lui donner l'aumône au nom de la foi. Le contraste est immédiat et voulu : Jacques, qui appartient à une secte réputée hérétique aux yeux des chrétiens orthodoxes, est précisément celui qui tend la main. Il recueille Candide, le nourrit, le loge et lui offre un emploi dans ses manufactures. Voltaire souligne ainsi que la générosité réelle ne coïncide pas avec l'appartenance confessionnelle : l'anabaptiste, marginal religieux, pratique les vertus évangéliques que les bons chrétiens du récit ne font que professer.
Jacques ne se contente pas de donner : il réfléchit. Lors des discussions philosophiques du chapitre IV, il écoute avec attention le récit des malheurs de Pangloss — le vieux précepteur de Candide, philosophe leibnizien convaincu que « tout est pour le mieux dans le meilleur des mondes possibles » — et fait soigner ce dernier à ses frais. Mais il formule également, face à la thèse optimiste de Pangloss, une vision plus sombre et plus lucide de la nature humaine : loin de croire que les hommes sont nés bons, il considère qu'ils ont corrompu leur nature originelle. Cette position nuancée fait de Jacques un personnage philosophiquement autonome, ni naïf comme Candide ni dogmatique comme Pangloss.
La mort de Jacques, au chapitre V, est la scène la plus chargée de sens qui le concerne. Lors de la tempête qui précède le tremblement de terre de Lisbonne, un matelot brutal tombe à la mer ; Jacques se penche pour le sauver et c'est lui qui se noie, tandis que le matelot se sauve sans un regard. Pangloss, fidèle à sa doctrine, empêche Candide de plonger pour secourir Jacques en arguant que la rade de Lisbonne a été formée exprès pour que l'anabaptiste s'y noie. La logique est vertigineuse : le discours qui justifie tout ordre divin sert ici à justifier l'inaction et à laisser mourir le seul homme généreux du récit. Voltaire retourne ainsi l'optimisme contre lui-même — c'est précisément la philosophie de Pangloss qui empêche de sauver le bien.
Jacques l'anabaptiste fonctionne comme une pierre de touche morale. Son existence brève mais lumineuse prouve que la vertu est possible — elle n'est pas une chimère —, mais sa mort immédiate démontre qu'elle ne bénéficie d'aucune protection providentielle. En mourant de manière aussi contingente et injuste, Jacques réfute par le récit ce que Pangloss s'obstine à défendre par le discours. Il est le martyr involontaire de l'anti-optimisme voltairien : non pas un saint édifiant, mais un homme ordinairement bon dans un monde qui ne récompense pas la bonté.