Dans Candide (1759), Voltaire ne ménage aucune institution, mais l'Église catholique et son clergé occupent une place de choix dans sa galerie des cibles satiriques. Loin d'être un détail anecdotique, la présence des représentants religieux traverse l'œuvre de bout en bout, formant un motif cohérent qui révèle la thèse centrale du conte : le fanatisme dogmatique est une des formes les plus destructrices du mal sur terre.
La première grande mise en scène du clergé est aussi la plus brutale. Au chapitre VI, Candide et Pangloss, son précepteur philosophe, sont victimes d'un auto-da-fé organisé par l'Inquisition de Lisbonne après le tremblement de terre. La cérémonie est présentée comme un remède officiel à la catastrophe naturelle : les autorités religieuses font brûler des hommes pour apaiser la colère divine. L'absurdité du raisonnement est soulignée par le ton impassible du narrateur, qui énumère les victimes et leurs prétendus crimes avec une froideur clinique. Voltaire montre ainsi que l'Inquisition ne cherche pas la vérité mais l'obéissance, et que la violence qu'elle exerce se drape d'un vernis de piété pour mieux s'imposer.
Au Paraguay, aux chapitres XIV et XV, Candide découvre une colonie jésuite qui constitue un véritable État dans l'État. Le frère de Cunégonde — la jeune femme aimée de Candide — y est devenu un commandant militaire puissant, ce qui permet à Voltaire de dénoncer l'ambition temporelle dissimulée derrière le discours évangélique. Les Pères jésuites exploitent les indigènes qu'ils prétendent convertir et accumulent richesses et pouvoirs. Le personnage du baron, aristocrate et religieux à la fois, incarne la fusion entre orgueil de caste et autorité ecclésiastique : il refuse avec violence que Candide épouse sa sœur Cunégonde, invoquant la noblesse de sang plutôt que des arguments spirituels. La religion est ici un instrument de domination sociale.
Voltaire n'épargne pas les ecclésiastiques de second rang. Le frère Giroflée, rencontré à Venise au chapitre XXIV, est un moine misérable qui exerce la prostitution avec une courtisane nommée Paquette. Ce personnage illustre le sort de ceux que la famille contraint à entrer dans les ordres sans vocation, produisant des religieux rancuniers et débauchés. Plus tôt dans le récit, le Grand Inquisiteur de Portugal entretient lui-même Cunégonde comme maîtresse, partageant ce privilège avec un riche juif : la satire est double, visant à la fois l'hypocrisie sexuelle du prêtre et la vénalité qui préside à tous ses actes. Ces portraits multipliés construisent une image systématique : le vœu de chasteté est une fiction, le vœu de pauvreté une plaisanterie.
Ce motif s'articule étroitement avec la critique de l'optimisme philosophique incarné par Pangloss. Comme la métaphysique de Leibniz que parodie ce personnage, l'Église prétend offrir une explication totale du monde et une justification de ses souffrances. En montrant que ses représentants sont corrompus, cruels ou ridicules, Voltaire sape l'autorité morale de l'institution. La conclusion pragmatique du conte — il faut cultiver notre jardin
(chapitre XXX) — s'oppose point par point à cette prétention à tout régenter : contre le dogme et la hiérarchie, Voltaire propose le travail concret, la modestie et la liberté de penser.