Pour comprendre ce que Rousseau entend par bonté naturelle, il faut remonter à sa philosophie de l'homme. Dans le Discours sur l'origine de l'inégalité (1755), il soutient que l'être humain naît bon, libre et heureux, et que c'est la société — avec ses hiérarchies, sa propriété, ses conventions — qui le dénature. Les Confessions, rédigées entre 1765 et 1770 et publiées à titre posthume, fonctionnent comme le laboratoire vivant de cette thèse : en racontant sa propre enfance, Rousseau se donne lui-même en exemple d'une nature originellement pure.
Le jeune Jean-Jacques que décrivent les premiers livres des Confessions agit toujours selon l'élan immédiat du cœur, jamais selon le calcul. Rousseau insiste sur la force des lectures partagées avec son père, Isaac Rousseau, durant les nuits entières passées à dévorer des romans et des vies de Plutarque. Ces lectures suscitent en lui des émotions intenses, des élans d'héroïsme et de générosité qui, selon Rousseau, révèlent une âme naturellement tournée vers le bien et vers les autres. Cette sensibilité n'est pas acquise : elle précède toute éducation réfléchie et témoigne d'une disposition originelle.
De même, l'attachement sincère et désintéressé que l'enfant éprouve pour Mme Lambercier, qui l'élève à Bossey avec son frère, ou pour son cousin Bernard, relève d'une affection pure, sans arrière-pensée. Rousseau présente ces liens comme naturels, antérieurs à tout apprentissage social de la politesse ou de l'intérêt.
L'un des épisodes les plus célèbres des premiers livres est précisément ambigu, mais il illustre bien la logique rousseauiste : la fessée reçue de Mme Lambercier. Rousseau y décrit l'expérience physique sans honte a priori, avec une transparence totale. Ce qui lui importe, c'est de montrer que l'enfant n'éprouve ni perversité délibérée ni corruption morale — seulement une sensation et une émotion brutes, encore libres du regard social. La nature de l'enfant est ici représentée comme un espace d'innocence que la pudeur sociale n'a pas encore colonisé.
Le tournant décisif est l'épisode du peigne cassé (Livre I). Rousseau et son cousin sont accusés à tort d'avoir brisé les dents d'un peigne appartenant à Mme Lambercier. Malgré leurs protestations, ils sont punis. Rousseau décrit avec une précision frappante la stupeur de l'enfant devant cette injustice : lui qui n'a rien fait de mal se voit traiter comme coupable. C'est la première fissure. Le sentiment d'injustice ne naît pas d'un vice intérieur — il naît de l'extérieur, imposé par une autorité qui se trompe.
Cet épisode est fondateur dans la démonstration autobiographique : l'enfant naturellement bon ne devient menteur ou défiant qu'à partir du moment où le monde social lui montre que la vérité ne protège pas. La corruption n'est pas dans la nature de Jean-Jacques ; elle est dans le fonctionnement de la société des adultes.
Plus tard, lors de son apprentissage chez le graveur Ducommun à Genève (Livre I, fin), Rousseau raconte comment il commence à voler de la nourriture, à mentir, à se dégrader moralement. Mais il prend soin de reconstituer la chaîne causale : c'est la brutalité du maître, la promiscuité de l'atelier, la privation et l'humiliation qui engendrent ces comportements. L'enfant qui volait des pommes n'est pas mauvais par nature — il réagit à des conditions sociales dégradantes. Rousseau présente ainsi chaque vice comme une réponse adaptative à un environnement corrupteur, jamais comme une tendance innée.
Ce qui unifie tous ces épisodes, c'est le geste même de l'écriture confessionnelle. En affirmant dès le préambule vouloir montrer un homme dans toute la vérité de la nature
(Livre I, préambule), Rousseau fait de la transparence absolue le signe de la bonté naturelle retrouvée. L'enfant naturel n'a rien à cacher ; c'est la société qui apprend à se masquer. En se racontant sans fard — y compris dans ses moments honteux — le Rousseau auteur rejoue la nudité originelle de l'homme avant la chute sociale. L'autobiographie est ainsi une reconquête symbolique de cet état de nature que la philosophie des Lumières, chez Rousseau du moins, ne cesse de regretter.