Gargantua paraît en 1534, dans un climat intellectuel et religieux extrêmement tendu. L'affaire des Placards (octobre 1534), au cours de laquelle des pamphlets violemment antiprotestants sont placardés jusqu'à la porte de la chambre royale de François Ier, pousse les autorités à durcir la censure. La Faculté de théologie de Paris — surnommée ironiquement la Sorbonne
par Rabelais lui-même — était déjà sur les dents depuis la condamnation de Pantagruel en 1533. Gargantua lui fournit de nouveaux motifs d'indignation.
Rabelais vise nommément les Sorbonagres
, Sorbonigènes
et autres Sorbonicoles
— néologismes grotesques forgés sur le modèle des termes latins de la scolastique. Dans le chapitre XIX, le moine Janotus de Bragmardo est envoyé réclamer les cloches de Notre-Dame que Gargantua a dérobées pour les accrocher au cou de sa jument. Son discours est un chef-d'œuvre de bafouillage pseudo-savant : il accumule citations latines écorchées, syllogismes absurdes et digressions sur les saucisses, sans jamais parvenir à formuler une requête cohérente. La démonstration est implacable — la rhétorique scolastique, présentée comme le sommet du savoir théologique, ne produit qu'un verbiage stérile. Pour la Sorbonne, se reconnaître dans ce portrait constituait une offense difficilement tolérable.
Le chapitre XL porte l'attaque la plus directe contre la vie monastique. Gargantua énumère les raisons pour lesquelles tout le monde se moque des moines
: ils récitent force psaumes et patenôtres sans les comprendre, entretiennent leur ignorance, et ne servent ni Dieu ni leur prochain. Le personnage du frère Jean des Entommeures est construit en miroir de ce reproche — il est, lui, actif, courageux, joyeux, et ne récite ses prières que lorsqu'il en a le loisir. Rabelais ne condamne pas la foi, mais la religion réduite à un rituel vide de sens, ce que les théologiens ne pouvaient interpréter autrement que comme une attaque contre les fondements de la vie consacrée.
Les chapitres LII à LVIII décrivent l'abbaye idéale fondée par Gargantua pour récompenser frère Jean. Thélème est l'exact contrepied d'un monastère traditionnel : ni murs d'enceinte, ni horloge, ni règle contraignante. L'unique précepte y est Fais ce que voudras
— formule qui scandalise les censeurs, car elle semble ériger le libre arbitre individuel en principe moral absolu, au détriment de toute obéissance à l'Église. Les Thélémites, nobles et bien nés, y vivent selon leur franc arbitre et liberté
, lisant, chassant, se cultivant. Ce que Rabelais présente comme une confiance en la nature humaine éduquée, la Sorbonne y lit une négation de la nécessité de la grâce divine et de l'encadrement ecclésiastique — une position dangereusement proche des thèses réformées.
Dès le prologue, Rabelais invite le lecteur à rompre l'os et sucer la substantifique moelle
du livre, en comparant son œuvre comique aux dialogues de Socrate et en convoquant une méthode d'interprétation allégorique normalement réservée aux textes sacrés. Appliquer au récit bouffon d'un géant les outils exégétiques de la lecture biblique constituait, aux yeux des théologiens, une profanation méthodique. La frontière entre le sacré et le profane — que la scolastique s'employait précisément à maintenir — était délibérément brouillée.
La condamnation de Gargantua s'inscrit dans une vague répressive plus large : entre 1534 et 1535, l'imprimerie est brièvement suspendue par édit royal, et plusieurs humanistes doivent fuir Paris. Rabelais, médecin et ancien moine, bénéficie un temps de la protection de son évêque, Jean du Bellay, ce qui lui évite le sort de certains de ses contemporains. Il n'en reste pas moins que ses livres circulent sous le manteau, et que les éditions successives témoignent de remaniements prudents destinés à émousser les passages les plus exposés.