Homais apparaît dès l'installation de Charles et Emma Bovary à Yonville-l'Abbaye (partie II). Pharmacien du bourg, il est le notable le plus bavard et le plus influent du village, cultivant une respectabilité fondée sur la science — ou plutôt sur l'idée flatteuse qu'il s'en fait. Flaubert en fait l'une des figures les plus travaillées du roman, et sa fonction dépasse largement celle d'un simple personnage secondaire.
Homais est le représentant le plus achevé de ce que Flaubert appelle la bêtise — non pas l'ignorance brute, mais l'opinion toute faite, le cliché assené avec aplomb. Il pratique un positivisme de comptoir : il croit au Progrès, à la Science et à la Raison, mais sans en avoir vraiment compris les exigences. Ses discours mêlent des termes savants, des références mal digérées et une suffisance indébranlable. Dans les scènes de repas et de conversation à l'auberge du Lion d'or, ses tirades sur la médecine, la religion ou l'agronomie fonctionnent comme autant de lieux communs — ce que Flaubert collectionne par ailleurs dans son Dictionnaire des idées reçues.
Son attitude envers le curé Bournisien est révélatrice : les deux hommes s'affrontent régulièrement, mais leurs querelles tournent à vide, chacun répétant ses formules sans jamais écouter l'autre. Flaubert met en scène deux dogmatismes symétriques — la foi et le scientisme — pour montrer que ni l'un ni l'autre ne touche au réel.
Homais n'est pas qu'un personnage satirique : il joue un rôle actif dans la catastrophe. C'est lui qui convainc Charles Bovary de tenter l'opération du pied-bot sur le palefrenier Hippolyte (partie II, chapitre 11), en agitant l'argument du prestige scientifique et de la gloire médicale. L'opération tourne au désastre et conduit à l'amputation de la jambe d'Hippolyte. L'épisode révèle la vanité meurtrière du personnage : son enthousiasme pour les idées nouvelles ne s'accompagne d'aucune prudence ni d'aucune véritable compétence. Il entraîne Charles dans un projet qui dépasse ses capacités, puis se défile habilement une fois l'échec consommé.
De même, c'est Homais qui, au fil du roman, tient à distance le médecin rival Canivet et le docteur Larivière, protégeant ainsi son monopole informel sur la santé du bourg — au détriment des patients.
La relation entre Homais et Emma mérite attention. En apparence, tout les oppose : elle rêve d'absolu, de passion et d'ailleurs ; lui se satisfait parfaitement du monde tel qu'il est. Et pourtant, Flaubert établit entre eux une correspondance souterraine. Tous deux nourrissent des illusions — les unes romantiques, les autres bourgeoises et scientistes. Tous deux ont lu, Emma des romans sentimentaux, Homais des traités de vulgarisation qu'il n'a pas vraiment assimilés. Tous deux se racontent une histoire sur eux-mêmes.
Cette symétrie est cruelle pour Emma : si le bovarysme est une forme d'inadéquation entre le moi rêvé et le réel, Homais en offre une version tout aussi grotesque, mais socialement récompensée. Là où Emma se détruit, Homais prospère.
La dernière phrase du roman est consacrée à Homais : il vient de recevoir la croix de la Légion d'honneur. Ce dénouement est l'un des plus célèbres coups de griffe de Flaubert. Emma est morte, Charles est mort, Berthe — leur fille — est réduite à travailler dans une filature de coton. Et Homais, lui, triomphe. La médiocrité satisfaite hérite du monde.
Ce finale n'est pas simplement une note amère ajoutée au récit : il en est la clé de lecture rétrospective. Tout le roman a montré que la société de la monarchie de Juillet et du Second Empire récompense non pas le mérite ou la sensibilité, mais la conformité, l'habileté sociale et la capacité à occuper l'espace discursif. Homais parle, publie dans les journaux locaux, gère sa réputation — et gagne. Emma, qui voulait vivre, est broyée.
Flaubert insiste sur le fait que Homais collabore régulièrement au Fanal de Rouen, journal local auquel il envoie des articles. Cette dimension journalistique n'est pas anodine : elle souligne la capacité du personnage à mettre en circulation des idées toutes faites, à formater l'opinion locale. Homais est un producteur et un diffuseur de bêtise, au sens flaubertien — une bêtise d'autant plus dangereuse qu'elle se croit éclairée. En ce sens, il incarne une critique que Flaubert adresse moins à un individu qu'à une époque et à ses modes de pensée dominants.