Dans Madame Bovary (1857), Gustave Flaubert ne traite pas la religion comme une croyance sincère ni comme une cible à abattre franchement. Il en fait quelque chose de plus subtil et de plus cruel : un miroir du désir d'Emma Bovary, femme d'un médecin de campagne normand, condamnée à chercher dans chaque forme d'idéal — l'amour romantique, le luxe, Dieu — une échappatoire à la médiocrité du quotidien. La religion fonctionne dans le roman comme une version parmi d'autres du bovarysme, cette tendance à se concevoir autrement qu'on n'est.
C'est au couvent des Ursulines, où Emma reçoit son éducation, que se forge son rapport ambigu au religieux. Flaubert décrit, dans la première partie du roman (chapitre 6), comment les romans de chevalerie et les cantiques se mêlent dans l'esprit de la jeune fille jusqu'à devenir indiscernables. Les images pieuses reçues en récompense — anges aux ailes d'or, ciels étoilés — alimentent la même rêverie que les récits sentimentaux. Le sacré entre ainsi dans la vie d'Emma non comme foi, mais comme esthétique : ce qui compte, c'est la lumière des cierges, le parfum de l'encens, la langueur des chants — tout ce qui exalte les sens sous couvert d'élever l'âme.
Après l'échec de sa liaison avec Rodolphe Boulanger, Emma traverse une crise mystique décrite au début de la troisième partie. Elle multiplie les pratiques dévotes, se plonge dans la lecture des mystiques et rêve de la métaphore de l'époux, du fiancé, de l'amant céleste
(Madame Bovary, III, 6). Flaubert souligne ici que le vocabulaire de la mystique chrétienne — l'union à Dieu, la langueur de l'âme — reconduit exactement le vocabulaire de la passion amoureuse. Emma ne convertit pas ses désirs en spiritualité ; elle déplace simplement leur objet. La dévotion est une passion comme une autre, soumise aux mêmes mécanismes d'exaltation et de déception.
Face à ces élans mystiques, le curé de campagne Bournisien incarne l'envers exact du sacré : une religion réduite à la gestion administrative des âmes et des corps. Quand Emma, au début de sa détresse sentimentale, vient le trouver au presbytère (II, 6), il ne comprend pas sa demande — pourtant claire dans sa détresse — et lui parle catéchisme et météo. Vous avez la fièvre
, lui dit-il, renvoyant le mal de l'âme à une explication physiologique. Ce dialogue de sourds est l'un des passages les plus acerbes du roman : le prêtre est inapte au sacré précisément parce qu'il en est le représentant officiel. Flaubert pointe une religion institutionnelle qui a évacué toute dimension transcendante.
La scène de l'extrême-onction (III, 8), au chevet d'Emma mourante, constitue le point d'aboutissement du motif. Le rituel oint successivement les yeux, les narines, les lèvres, les mains d'Emma — autant d'organes des sens par lesquels elle a péché selon la logique catholique. Flaubert accompagne chaque geste d'une notation sur les plaisirs charnels et les désirs manqués : les yeux qui ont convoité les faux-semblants du luxe, les lèvres qui ont menti et gémi de plaisir. Le sacrement devient une récapitulation ironique d'une vie entière de désirs insatisfaits. Le sacré, convoqué au seuil de la mort, n'offre aucune rédemption : il n'enregistre que l'inventaire d'un échec.
La religion dans Madame Bovary révèle ainsi la mécanique profonde du bovarysme : toute aspiration à l'absolu, qu'elle prenne la forme de l'amour, du luxe ou de Dieu, reproduit la même structure — exaltation, illusion, désillusion. Flaubert ne condamne pas Emma au nom d'une morale, il montre avec une précision clinique comment les idéaux, religieux ou profanes, sont des formes de l'imaginaire que le réel défait toujours.