Le thème central de la pièce est celui du libertinage — au sens large du terme, qui au XVIIe siècle désigne à la fois la débauche amoureuse et le libre-penseur qui refuse les dogmes religieux et moraux. Dom Juan, noble séducteur entouré de son valet Sganarelle, multiplie les conquêtes féminines sans jamais s'arrêter : il abandonne Done Elvire qu'il a épousée, convoite deux jeunes paysannes dans le même souffle, et fuit l'engagement dès qu'il est obtenu. Sa célèbre tirade sur l'inconstance — dans laquelle il compare la conquête amoureuse à la gloire du conquérant militaire — révèle que son désir n'est pas celui de posséder, mais de conquérir. L'acte II illustre parfaitement cette mécanique : face à Charlotte et Mathurine, il promet l'amour à chacune séparément, sans jamais se contredire ouvertement, incarnant ainsi un désir insatiable qui ne connaît ni limite ni remords.
Mais le libertinage de Dom Juan dépasse la séduction. Il se manifeste aussi dans le refus de toute autorité — parentale, divine, sociale. Lorsque Dom Louis, son père, lui reproche sa conduite et lui rappelle l'honneur de sa lignée, Dom Juan écoute en silence puis, une fois seul, balaie la leçon d'un revers de main. Ce refus de la filiation et de la tradition dessine un personnage résolument moderne, qui place sa liberté individuelle au-dessus de tout ordre établi.
Si Molière s'en prend au libertin, il dirige sa satire la plus acérée contre un mal qu'il juge encore plus dangereux : l'hypocrisie. L'acte V constitue le pivot de cette critique. Dom Juan, contraint par les circonstances, n'abandonne pas ses convictions — il décide simplement de les masquer sous un vernis de dévotion. Dans une scène d'une ironie cinglante, il explique à Sganarelle que l'hypocrisie est désormais « un vice à la mode » et qu'elle offre toutes les libertés à celui qui sait s'en servir. Molière, qui avait lui-même subi les attaques des dévots après Tartuffe, glisse ici une critique transparente des faux dévots qui peuplaient la cour et la ville.
Sganarelle, le valet, joue dans ce thème un rôle paradoxal. Défenseur maladroit de la morale et de la religion tout au long de la pièce, il incarne une foi populaire sincère mais naïve, incapable de s'opposer réellement à son maître. Son impuissance même souligne l'inefficacité des discours moralisateurs face à un libertin déterminé — et, plus profondément, la complicité tacite que la société entretient avec ceux qu'elle prétend condamner.
La mort n'est pas seulement le dénouement spectaculaire de la pièce : elle la hante de bout en bout. Dès l'acte I, la statue du Commandeur — père d'une femme que Dom Juan a séduite et dont il a tué le père en duel — est déjà présente comme un rappel silencieux de la faute commise. Lorsque Dom Juan l'invite à dîner par défi, il transforme une provocation en défi lancé à Dieu lui-même. La statue qui s'anime, qui répond, puis qui entraîne Dom Juan dans les flammes, n'est pas un simple artifice théâtral : c'est la réponse du sacré à l'impiété.
Ce dénouement pose une question que la pièce ne tranche pas simplement. Dom Juan meurt sans se repentir — ce qui, dans la logique chrétienne du XVIIe siècle, le condamne sans appel. Mais Molière prend soin de ne pas faire de cette fin une leçon moralisatrice univoque : la dernière réplique de Sganarelle, qui pleure ses gages impayés plutôt que la mort de son maître, introduit une note dérisoire qui relativise la portée édifiante du châtiment divin.
Un quatrième thème, moins souvent mis en avant, traverse discrètement toute la pièce : celui des inégalités sociales et du rapport à l'argent. Dom Juan doit de l'argent à M. Dimanche, son créancier bourgeois, et la scène où il le reçoit (acte IV) est un modèle de comédie sociale : par une succession de politesses et de questions feintes sur la famille de son créancier, Dom Juan parvient à renvoyer M. Dimanche sans lui avoir rien remboursé. La noblesse y apparaît comme une armure qui protège des obligations ordinaires. Cette scène, brève mais incisive, rappelle que le libertinage de Dom Juan est aussi un privilège de classe — un luxe que seule l'aristocratie peut se permettre d'afficher.